در شامگاه هفتم محرم سال 1313 ق. در نجف در خانواده اي اهل علم و معنويت كودكي پا به عرصة هستي نهاد كه او را «محمد هادي» ناميدند.
اجداد او همه از سادات حسيني شهر مدينه منوره و از فرزندان امام علي بن الحسين ـ عليه السلام ـ بودند كه به جهت شرافت علمي و معنوي از بزرگان مدينه به شمار مي رفتند محلة قديمي «بني هاشم» محل سكونت اين خاندان بود و همواره بزرگاني از قبيله هاي عرب و دانشوران اسلامي بدآنجا رفت و آمد داشته اند.
هجرت آنان در اواخر قرن يازدهم ق. از مدينه به آذربايجان ايران در پي دعوتي بود كه از جانب شيعيان اين ديار انجام گرفت. به دنبال اين دعوت سيد حسين (جد محمد هادي) و برادرش علي اكبر كه هر دو از جوانان فرزانه مدينه بودند به همراه زايرين خانة خدا وارد آذربايجان شدند و در منطقه «اسكوچاي» اقامت گزيدند و سيد حسين هم چنان در ميلان باقي ماند و از همان جا ازدواج كرد وي تا آخر عمر در ميان دوستداران اهل بيت پيامبر ـ صلّي الله عليه و آله ـ در منطقه آذربايجان به تبليغ و ترويج احكام اسلام پرداخت با رحلت سيد حسين فرزندان وي و بعدها نوادگانش اين رسالت عظيم را در منطقه آذربايجان دنبال كردند.
نياي مادري آية الله ميلاني آية الله شيخ محمد حسين مامقاني (متوفي به سال 1223 ق.) شاگردان شيخ مرتضي انصاري و شيخ مهدي آل كاشف الغطا است كه خود از فقهاي بزرگ اوايل قرن چهاردهم ق. به شمار مي رفت و در دوران زندگي به زهد و پارسايي شهرت داشت.